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TruSight® HLA v2(CareDx社)

明瞭でフェーズ問題解消のHLAタイピング NGS解析によるシングルアッセイ

特 徴
• 包括的アッセイ シングルアッセイで、11のHLA遺伝子座の高分解能シーケンシングが可能
• 明瞭な結果 ディープシークエンシングにより、正確で明瞭なHLAタイピングが可能
• ”DNAから結果” のトータルソリューション
ライブラリの調整、イルミナシーケンシング、TruSight HLA Assign 2.1ソフトウェア によるデータ解析までの完全なワークフロー

概要 – TruSight HLA ワークフロー

ライブラリー調整のための最先端のNGSケミストリ
TruSight HLA v2 シーケンシングパネルは、ロングレンジPCRおよびHLA特異的Nexteraライブラリー調製 法を用いて、高精度で明瞭なHLAタイピングをシングルアッセイで作成します(図2)。 さらに、ユニークなマ ルチプレックス機能と統合されたサンプルバーコードにより、最大384サンプルを同時に分析するためのサン プルプーリングが可能になります。
TruSight HLA v2のワークフローは、ロングレンジPCR(図2A)での遺伝子座特異的プライマーを用いたHLA 遺伝子の増幅から始まります。 次に、ラピッドNexteraライブラリー調製ステップでは、増幅されたDNA断片 にアダプタータグを付加し(図2B)、一般的な末端修復処理を必要としません。

TruSight HLA Assign 2.1 ソフトウェアによる 最適化されたデータ解析
このソフトウェアは、TruSight HLA v2 ライブラリから得られたシーケンスデータを解析します。 各サンプルの HLAアンプリコンを1つのバーコードライブラリーにプールし、1サンプルにつき1対のFASTQファイルが得られ ます。デマルチプレクスとFASTQファイルの生成後、ファイルはTruSight HLA Assign 2.1ソフトウェアに直接 移行され、アライメントされます。

最初のアライメントの後、全てのヘテロ接合体位置はフェーズされます。フェーズされたアライメントは、国際 ImMunoGeneTics情報システム(IMGT)/ HLAデータベース8に対して参照され、信頼性の高いHLAタイピン グ結果が生成されます。Assignソフトウェアは、 TruSight HLA v2 シーケンシングパネル専用に最適化され ています。これは、複数のサンプルおよび遺伝子座からのシーケンスを、以下のユーザーフレンドリーなイン ターフェースへのインポートを可能にします。

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