取扱いメーカー

高解像度空間バイオロジー 全トランスクリプトーム空間マッピング

全トランスクリプトーム空間マッピング

会社概要

現在、タカラバイオからの弊社取り扱い製品は、元々、Co-founder & CEOのStephen Fodor, PhD、Co-founder & CTOのChristina Fan, PhD、Co-founder & COOのAri Chaney、さらには、アカデミックのCo-founderとして、ハーバード大学/ブロード研究所のFei Chen, PhD、ブロード研究所のEvan Macosko,MD,PhD、 フランシス・クリック研究所のSam Rodriques, PhDらにより、高解像度の全トランスクリプトーム空間マッピングのための革新的なr技術を確立するために2021年2月に設立されました。
また、Slide-tags（Nature 2024) を製品化し、Trekker Single-Cell Spatial Mapping Kitを2024年にリリースしました。ページ下部をご覧ください。

Seeker - Product写真-1
Seeker 基本技術

革新的なSeeker 技術は、通常のスライドサイズの中央にタイル状の領域があり、そのタイル内に約80,000個（3mm x 3mmタイル）及び 約850,000個（10mm x 10mmタイル)　の10μmビーズ が隙間なく埋め込まれています。各ビーズには固有のインデクスが付加されており、さまざまな生物種組織の高解像度全トランスクリプトーム解析、空間マッピングを可能とします。Seeker 技術には専用の装置は不要です。

Seeker-Takara-1

Seekerの特徴

●　シングルセル解像度
 　 固有のインデックスが付加された10μｍビーズ（80,000個 / 850,000個）でRNAを
　  キャプチャ。
●　タイル サイズ
　  3 x 3 mmサイズで約80,000個、10 x 10 mmサイズで約850,000個 のインデックス
 　 付加ビーズが隙間なく埋め込み。
●　専用装置は不要
　  Curio Seeker専用の装置はありません。
●　処理時間
　  約8時間で全工程が終了。その内、約2.5時間の手作業時間が含まれます。
●　対象サンプル
　  新鮮凍結切片。多様な生物種に対応。
●　解析ソフトウェア
　  illumina NGSからのFASTQファイルを、Curio Seekerバイオインフォマティクス
　  パイプラインで処理。 サードパーティからの解析ソフトも利用可能。
製品情報

●　3 x 3 Seeker Kit Bundle V1.1
　  8枚のCurio Seekerタイルと反応処理に必要な酵素・試薬が含まれています。
●　10 x 10 Seeker Kit Bundle 
　  4枚のCurio Seekerタイルと反応処理に必要な酵素・試薬が含まれています。
●　Seeker Dual Indexing Primer Kit
　  illumina NGSライブラリ調整用フォワード/リバースプライマ・セットで
　  40タイル分の容量です。

ワークフロー

Seeker タイルに固定された組織切片から空間インデックス付加ビーズに mRNA をキャプチャし、ハイブリダイゼーション及び逆転写を行います。ビーズは、組織から解離され、第2鎖合成および cDNA 増幅を行います。cDNA精製および定量化の後、通常のＮＧＳライブラリ調製に進み、イルミナNGSでシーケンスを行います。シーケンスからの FASTQ ファイルは、Seeker バイオインフォマティックス パイプラインにより処理され組織切片の精密な空間トランスクリプトーム・マップが作成されます。

空間バイオロジー解析例

Video/Webinar & Publication

Video

製品の最新の動画及びWebinarを以下のリンクより視聴できます。

Seeker resources

Publication

Seekerを用いた論文を以下のリンクより確認できます。

Publication リンク

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